סעיף 39 לחוק יסודות התקציב, התשמ״ה–1985, שיפוט משמעתי.

(א)מוקם בזה בית דין למשמעת לשיפוט עובדי המדינה ועובדי גופים מתוקצבים ונתמכים בשל עבירות משמעת לפי פרק זה; לענין זה יחולו הוראות חוק המשמעת והתקנות לפיו בשינויים ובתיאומים שיקבע שר המשפטים בתקנות, ורשאי הוא לקבוע בהן הוראות מיוחדות לסוגים של עובדים; לא יהיה שיפוט משמעתי בשל עבירות משמעת לפי פרק זה אלא לפי סעיף זה.

פורסמו תקנות יסודות התקציב (שיפוט משמעתי), התשמ״ט–1988, אשר החילו בשינויים ובתיאומים המפורטים בתקנות את הוראות חוק שירות המדינה (משמעת), תשכ״ג–1963, את תקנות שירות המדינה (משמעת) (סדרי דין של בית הדין), תשכ״ד–1963, את תקנות שירות המדינה (משמעת) (סדרי הדין בערעור או בבקשה לשופט בית המשפט העליון), תשכ״ד–1963, את תקנות שירות המדינה (משמעת) (בקשות לשינוי שיעור המשכורת המשתלמת לעובד מושעה), תשל״ח–1978 ואת תקנות שירות המדינה (משמעת) (השתכרות בתקופת השעיה), תשכ״ד–1963.

(ב)בלי לגרוע מהאמור בסעיף זה ובסעיף 32 לחוק המשמעת, מוסמכים אלה להגיש לתובע קובלנה בשל עבירת משמעת לפי פרק זה:

(1)לגבי עובד המדינה – השר הממונה;

(2)לגבי עובד רשות מקומית – שר הפנים;

(3)לגבי עובד בנק ישראל – הממשלה;

(4)לגבי עובד גוף מתוקצב אחר או גוף נתמך – שר האוצר והשר הנוגע בדבר.