סעיף 20 לחוק מרכז זלמן שזר לחקר תולדות העם היהודי, התשע״א–2010, פקיעת כהונה והשעיה מכהונה של המנהל הכללי.

(א)המנהל הכללי יחדל לכהן לפני תום תקופת כהונתו באחת מאלה:

(1)הוא התפטר במסירת כתב התפטרות לשר וליושב ראש המועצה;

(2)המועצה החליטה על הפסקת כהונתו ברוב של שני שלישים לפחות מכלל חבריה;

(3)הוא הורשע בעבירה שמפאת מהותה, חומרתה או נסיבותיה אין הוא ראוי לשמש המנהל הכללי.

(ב)הוגש כתב אישום נגד המנהל הכללי בשל עבירה שמפאת מהותה, חומרתה או נסיבותיה אין הוא ראוי לשמש המנהל הכללי, רשאי השר להשעותו מכהונתו עד לסיום ההליך בעניינו, וימונה לו ממלא מקום למשך תקופת ההשעיה, לפי הוראות סעיף 17(א).