סעיף 5 לחוק רשות הספנות והנמלים, התשס״ד–2004, מנהל הרשות.

(א)השר ימנה מנהל לרשות; המנהל יהיה עובד המדינה, שימונה לפי הכללים הנהוגים בשירות המדינה לגבי משרות שהמינוי להן מתבצע בהליך של ועדה לאיתור מועמדים, ויהיה בעל מומחיות וניסיון מובהקים בתחום הספנות והנמלים.

(ב)המנהל יהיה אחראי על ניהול הרשות ועל ביצוע תפקידיה לפי דיני הספנות והנמלים, וימלא את התפקידים המוטלים עליו לפי דיני הספנות והנמלים, ורשאי הוא לקבוע, בהוראות מינהל, הנחיות לבעלי הסמכות במילוי תפקידיהם על פי דיני הספנות והנמלים.

(ג)השר רשאי למנות את המנהל כממונה על הנמלים.