סעיף 29 לתקנות הסגר, איזו הן הפעולות שינקטו בהן אם לא הראתה האניה תעודה בת תוקף.

אם לא הראתה האניה תעודה בת תוקף, רשאית רשות ההסגר לעשות את המעשים דלקמן לאחר חקירה ובקורת:

(א)להשמיד בעצמה את העכברים מן האניה או לצוות לסדר את הפעולה הזאת תחת פיקוחה והדרכתה היא: כתום הפעולה הזאת בצורה המניחה את דעתה, תתן רשות ההסגר תעודה להשמדת העכברים; בכל מקרה כזה תחליט על אודות הפעולות הטכניות שיש לנהוג בהן כדי לעשות כלה בכל העכברים שבאניה. ואולם צריך לרשום בתעודה פרטים על הפרוצס שנקטו בו ואת מספר העכברים שהושמדו. השמדת העכברים תעשה בצורה שתמנע ככל האפשר בעד גרם היזק לאניה ולמטענה, (אם יש בה מטען). הפעולה תמשך לא יותר מעשרים וארבע שעה ובאניה הנמצאת בעקל תעשה הפעולה בטרם יטענו עליה את המטען. בעד הפעולות האלה משלמין מסים בשעור המפורט בתוספת השניה לתקנות האלה; כל שאלה בדבר פיצויים ודמי נזק תוחלט בהתאם להוראות התקנה 20; אמצעי הבדיקה המפורטים לעיל ייעשו בחיפה, ואניות המגיעות בנמלים אחרים בישראל והטעונים ניקוי מעכברים תועברנה לנמל חיפה;

(ב)ליתן תעודת שחרור מניקוי עכברים מסומנת בתאריך, אם נוכחה הרשות שמצב בדק האניה הוא כזה שמספר העכברים שבה הופחת עד כדי מינימום; את הסבות המחייבות מתן תעודה כזאת צריך לפרט בתעודה.