סעיף 9 לתקנות רשות הספנות והנמלים (הוראות לעניין דיני המס), התשס״ט–2009, הוראות מיוחדות לעניין חישוב ההכנסה.

(א)הוצאה של רשות הנמלים שהוצאה בשנת המס 1997 או לאחריה ושלא הותרה בניכוי לעניין דיני המס לפני יום המעבר, תותר בניכוי לפי הוראות הפקודה לחברת הפיתוח והנכסים או לחברת נמל, לפי העניין, במועד שהיתה מותרת בו בניכוי לרשות הנמלים.

(ב)הכנסה שלפי דיני המס היו רואים כהכנסה חייבת של רשות הנמלים, שהופקה או שנצמחה לאחר יום המעבר ועל כן לא נתחייבה במס בידיה, יראו כהכנסה שהופקה או שנצמחה כאמור בידי חברת הפיתוח והנכסים או חברת נמל, לפי העניין והיא תחויב במס בידיהן.

(ג)הכנסה מתשלומים שמשלמים תאגידים מורשים או משתמשים אחרים בתחום הנמל, יראוה כהכנסת החברה שתבעה פחת בשל אותו נכס על פי הוראות תקנות אלה (בתקנת משנה זו – החברה בעלת הנכס); הועבר חלק מהתשלום לחברת הפיתוח והנכסים או לחברת נמל, לפי העניין, שאינה החברה בעלת הנכס, יותר הסכום המועבר בניכוי כהוצאה והוא יחויב במס על ידי החברה שבידיה התקבל כאמור.

(ד)סכומים שמקבלת חברת הפיתוח והנכסים מחברת הנמל, בקשר עם פרישת עובד לפי הסכמי הפנסיה שנחתמו ביום ט״ו באדר א׳ התשס״ה (24 בפברואר 2005), לפי העניין, לא יהוו הכנסה בידה, והכל על הכספים שיועדו על ידה להפקדה בקופת גמל מרכזית לקצבה כאמור בסעיף 49(ו) לחוק.