סעיף 4 לתקנות הטיס (אי־תחולה על כלי טיס של מדינת ישראל), התשע״ט–2018, סייגים לאי־תחולת החוק.

על אף האמור בתקנה 2 –

(1)ההוראות לפי פרק ד׳ לחוק וסעיף 179(ג)(3) לחוק יחולו לגבי הפעלת כטב״ם מדינתי;

(2)על חקירת אירוע בטיחותי מעורב–מדינתי ועל חקירת אירוע בטיחותי מעורב–מדינתי–צבאי יחולו הוראות התוספת;

(3)גוף ביטחוני ישלם אגרה שנקבעה לפי החוק בעד שירות שנותנת הרשות ושהוא מבקש לקבל, אף אם אינו חייב להידרש לשירות כאמור.